Jesteś pilotem statku kosmicznego, który właśnie został umieszczony nad opuszczonym asteroidem o nazwie Black Shadow, na którym przypuszcza się, że była zamieszkiwana przez wrogie obce istoty. Udało Ci się przebić przez obronne tarcze, ale pozostałe statki z Twojego oddziału nie miały tyle szczęścia. Teraz jedna z budowli, na pozornie opuszczonym świecie, zaczyna się otwierać...

Black Shadow to strzelanka z przewijającym się ekranem. Sterujesz statkiem kosmicznym, który może poruszać się na dolnej połowie ekranu. Obce statki próbują na Ciebie wpadać, a struktury naziemne stanowią pułapki nawigacyjne i potrafią na Ciebie strzelać. Twój statek strzela normalnymi pociskami, które są skuteczne przeciwko statkom, oraz bombami, które wybuchają na ziemi przed Twoim statkiem. Celem gry jest dotarcie do bazy na końcu poziomu, zniszczenie jej, a następnie powtarzanie tej czynności na pozostałych poziomach.

Zaczynasz grę z trzema żywotami. Każdy statek może wytrzymać trzy trafienia od wrogich jednostek, po czym musisz zaczynać poziom od nowa. Są dostępne tryby jedno- i dwuosobowe. W trybie dwuosobowym, gdy jeden z graczy zostanie zniszczony, obaj wracają na początek poziomu.