Clockwiser to gra logiczna, w której celem gracza jest ułożenie puzzli z ruchomymi klockami, tak aby stworzyć określony kształt na planszy. Gra posiada wiele poziomów trudności, które stopniowo wprowadzają nowe elementy do rozgrywki, takie jak blokady, teleportery czy klocki o różnych kształtach i rozmiarach. Oprócz tego, gracz ma ograniczoną liczbę ruchów, co wymusza na nim strategiczne myślenie i planowanie swoich posunięć. Clockwiser wyróżnia się również klimatyczną oprawą dźwiękową i grafiką, charakterystyczną dla gier z lat 90.

Na każdym z poziomów w grze Clockwiser (jest ich 100 na Amiga/Amiga CD32 i 110 na DOS) prezentowana jest plansza startowa oraz celowa, a celem gracza jest doprowadzenie pierwszej do stanu drugiej. Poziomy składają się z zębatek, które można obracać w prawo lub lewo, aby osiągnąć ten cel. Do dyspozycji są specjalne bloki, takie jak bomby, producenci diamentów czy bloki antygrawitacyjne. Każdy poziom ma swoje ograniczenie czasowe, które może wynosić kilka sekund lub kilka minut - czas ten zaczyna się od pierwszego ruchu, a gracz ma czas na zapoznanie się z planszą przed rozpoczęciem rozgrywki. Każdy poziom ma swoje hasło, co ułatwia postęp w grze.