James Pond 3: Operation Starfish to klasyczna gra platformowa, w której gracz kieruje tytułowym bohaterem - rybką szpiegiem Jamesem Pondem. Gracz musi przemierzać różnorodne plansze, pokonując przeszkody i wrogów, zbierając różne przedmioty oraz rozwiązując zagadki.

W grze mamy do czynienia z wieloma piętrzącymi się poziomami, które różnią się między sobą krajobrazami oraz wyzwaniem, jakie stawiają przed graczem. W grze występują także bossowie, czyli mocniejsi przeciwnicy, z którymi trzeba mierzyć się w potyczkach na końcu każdego etapu.

Fabuła gry James Pond 3: Operation Starfish skupia się na przygodach tytułowego bohatera - rybki szpiega Jamesa Ponda, który musi ocalić świat przed doktorem Maybe i jego robotami.

Akcja toczy się w oceanie, gdzie doktor Maybe postanowił zdetonować nuklearną bombę, która zagraża życiu w oceanie. James występuje jako szpieg, którego celem jest powstrzymanie doktora Maybe i jego planów. Gracz kontroluje Jamesa na kolejnych planszach, które składają się z różnych poziomów trudności, aby przemierzać wodne przestrzenie, zbierać potrzebne przedmioty i pokonywać przeciwników.

W grze występują także bossowie, którzy stają się coraz silniejsi, w miarę jak gracz przemierza kolejne poziomy. Aby podołać tym wyzwaniom, gracz musi wykorzystać wszystkie zdolności Jamesa, takie jak kucanie, skakanie, pływanie i atakowanie wrogów.