W grze Mortal Kombat II gracze wcielają się w bohaterów, którzy zostają przywołani do turnieju walk na śmierć, organizowanego przez złowrogiego cesarza  Shao Kahna. W poprzedniej edycji turnieju, nasza drużyna koalicji zwyciężyła i powstrzymała złowszywą grupę zwaną Zakonem Cieni przed przejęciem kontroli nad światem.

Jednakże, po przegranej w poprzednim turnieju, Shao Kahn wysyła swoją armię do Ziemi, aby przygotować ją na kolejną walkę o kontrolę nad światem. Po dotarciu na Ziemię, armia natychmiast rozpoczyna atak, a bogowie wojny Raiden i Fujin namawiają bohaterów koalicji do udziału w kolejnej edycji turnieju, aby powstrzymać Shao Kahna i jego złowrogie plany.

Gracze będą walczyć z różnymi wojownikami z czarnoksiężnikami, wojownikami i maszynami. Zmagać się będą też z nowymi przeciwnikami takimi jak Kitana, Outworld Princess, Kung Lao's assistant Liu Kang i in. Po zakończeniu turnieju czyli właściwie zwycięstwie naszej drużyny, Shao Khan ujawnia, że wziął zakładników - przyjaciół bohaterów w swojej twierdzy, a nasza grupa musi walczyć z Nowymi mistrzami zakonu Cieni i przejąć kontrolę nad Shao Khanem, aby uwolnić swoich przyjaciół.

Gracze będą mieli do czynienia z epickim finałem z pojedynkiem z przeciwnikami takimi jak Shao Khan i Kintaro, aż do ostatecznej walki z Sektor- Cyborgiem należącym do Zakonu Cieni. Czy bohaterowie będą w stanie pokonać swoich przeciwników i uratować swoich przyjaciół? Musisz zagrać, żeby się przekonać.