Daleko, daleko stąd, głęboko na Karaibach, leży wyspa-Spy Island, tropikalny raj dawno opuszczony przez ludzi i zwierzęta, geograficznie porzucony wiele lat temu. Aż do teraz. Top secret misja xxx niedawno rozbiła się na tej wyspie, rozbijając się na trzy części. Jest to niezwykle ważne, aby ta rakieta nie wpadła w ręce wroga, więc twoim zadaniem jest odzyskać wszystkie trzy części, złożyć je i uciec łodzią podwodną zakotwiczoną gdzieś na wyspie, zanim wróg cię prześcignie. Przeciwnik może być sterowany przez komputer lub człowieka, komputer oferujący wybór z pięciu postaci, a w przypadku człowieka - to już zależy od ciebie!

Każdy szpieg ma nieustannie uzupełniający się pasek energii, który zmniejsza się w kontakcie z czymkolwiek nieprzyjemnym. Należy jednak uważać, aby w ogóle go nie tracić, ponieważ zajmuje to sporo czasu na jego odnowienie.

Jak w pierwszej części Spy vs Spy, każdy szpieg ma do dyspozycji Trapulator. To niesamowite urządzenie pozwala szpiegowi przechowywać i, co najważniejsze, używać różnych przedmiotów znalezionych na wyspie, aby utrudnić postęp szpiegów przeciwnika. Przedmioty zazwyczaj są ukryte pod piaskiem, ale zostaną odkryte, gdy szpieg je podniesie. To samo dotyczy sytuacji, gdy szpieg chce zakopać jakiś przedmiot, który znalazł na piasku. Parę naciśnięć przycisku fire aktywuje Trapulatora i pozwala na ustawienie pułapki lub zobaczenie mapy wyspy. Sześć rodzajów pułapek jest dostępnych z Trapulatora i każda z nich może być użyta tylko w określonych miejscach i sytuacjach.

1. PUDEŁKA ODKRYWCZE muszą być wykopane przy pomocy dostarczonej łopaty i marnują cenny czas, gdy szpieg wpadnie do jednego z nich. Łopata może wykopać tylko osiem dołków, zanim się zepsuje, więc należy używać z rozwagą. Dołki można kopać wszędzie, oprócz wody.
2. PUNUI PITS to po prostu rozszerzenie otwartej dziury. Trzeba wykopać dół jak poprzednio, ale tym razem trzeba wbić w dno drewniany palec, dzięki czemu dziura zamyka się, ukrywając przed oczami szpiega. Na wyspie leży PISTOLET i jeśli zostanie znaleziony, można go użyć, aby postrzelić przeciwnika i na chwilę go unieruchomić. Oczywiście, pod warunkiem, że pociski nie są niewypałami i pistolet jest w pełni załadowany.
3. BOMBY KOKOSOWE można wyprodukować, łącząc orzechy kokosowe z benzyną ze swojego rozbitego samolotu i pochować pod piaskiem jako bardzo skuteczną minę lądową. Jeśli którykolwiek ze szpiegów stanie się ofiarą takiego urządzenia, zostanie rozdmuchany i rozwiany w popiół.
4. PUŁAPKI można ustawić, aby złapać podejrzliwego szpiega z zaskoczenia, lub siebie samego, jeśli nie jesteś zbyt ostrożny. Szpieg po prostu wspina się na najbliższe drzewo liną, przewiązuje ją na jego szczycie, zstępuje z powrotem i zakopuje drugi koniec w piasku, a tuż obok jest pułapka gotowa, by porwać pierwszego, który na nią wpadnie!
5. KANISTRY Z NAPALMEM można zakopać w ten sam sposób, co bomby kokosowe i mają ten sam śmiertelny efekt, gdy zostaną odkopane.
6. KAŁUŻY Z ŻYWICĄ znajdują się na całej wyspie i są bardziej naturalną pułapką, pochłaniając energię szpiega, jeśli w nie wpadnie. Jeśli taka katastrofa się wydarzy, musisz szarpnąć joystickiem jak szalony, aby go z niej wydostać!

WALKA WRĘCZ pomiędzy szpiegami działa w ten sam sposób, co w oryginalnej grze. Gdy dwoje szpiegów pojawi się na ekranie, mogą bić się na śmierć i życie swoimi szpiegowskimi mieczami. Szpiedzy mogą uderzać przeciwnika po głowie lub kłuć go w ważnych miejscach, każde trafienie wyczerpuje energię (bez żadnych żartów). Te miecze są dość tępe, więc potrzeba całkiem sporo uderzeń, aby zabić szpiega.

MAPA wyspy jest przechowywana w Trapulatorze szpiega i może być wyświetlona w dowolnym momencie. Pokazuje ona widok z lotu ptaka na wyspę wraz z tropem stóp, aby pokazać, gdzie szpieg ostatnio chodził i przybliżone położenie części rakiet.

Niestety czas nie jest po twojej stronie, ponieważ na wyspie mieszka dość wybuchowy wulkan i właśnie ma wybuchnąć. Odliczanie do wybuchu jest wyświetlane po prawej stronie ekranu, a długość tego czasu zależy od wybranego poziomu trudności. Istnieje siedem poziomów gry, różniących się nieco cechami, takimi jak dwie wyspy zamiast jednej i więcej lub mniej obiektów w ręce. Poziomy od pierwszego do czwartego mają jedną wyspę do eksploracji o rozmiarach między sześcioma a dwudziestoma sektorami. Piąty i szósty poziom mają natomiast dwie wyspy, więc musisz między nimi przełączać się! To powoduje jeszcze więcej problemów, ponieważ w otaczającym morzu żyją jedno lub dwa rezydujące rekiny. Wpadnięcie na rekę zaowocuje prawie na pewno śmiercią twojego szpiega, ponieważ zostanie on przyciągnięty poniżej głębin na krótki czas, zanim będzie mógł się uwolnić. Jeśli szpieg kończy energię podczas kąpieli, to zatonie i jego części rakiety które posiadał zostaną wyrzucone na brzeg.

ŁÓDŹ PODWODNA znajduje się gdzieś u wybrzeży wyspy i podobnie jak ambasada w oryginalnej grze, może być ukryta. Jeśli żaden ze szpiegów nie zdąży na czas do łodzi podwodnej, to zobaczysz widok wyspy oświetlonej wspaniałym blaskiem lawy wulkanicznej.