The Last Ninja 3 to gra zręcznościowa i przygodowa, w której gracz wciela się w postać ostatniego ninja - Armakuni. Akcja gry toczy się w Japonii w XVII wieku, gdzie Armakuni musi stawić czoła różnym wyzwaniom i wrogom.

Fabuła gry skupia się na przygodach ostatniego ninja - Armakuni, który jest jedynym ocalałym z rodu Kōga. Armakuni wyrusza w podróż do miasta Edo, gdzie spotyka swojego dawnego wroga - Shoguna Kunitokiego, który stworzył armię potworów, aby przejąć władzę w Japonii.

Celem Armakuniego jest pokonanie Shoguna i jego armii potworów, a także odnalezienie trzech części mocy zwanej Soul Sword. W trakcie gry gracz musi pokonać różne bossy i przeciwników, a także rozwiązywać zagadki, aby zdobyć części Soul Sword.

W miarę jak gracz postępuje w grze, odkrywa tajemnicze połączenie między Soul Sword, Shogunem i jego armią potworów. W końcowej fazie gry Armakuni musi stawić czoła ostatecznemu przeciwnikowi, aby odzyskać Soul Sword i przywrócić pokój do Japonii.

Gracz przemierza poziomy, pokonując przeciwników i rozwiązując zagadki. Armakuni potrafi wykonywać różne akcje, takie jak skakanie, kopanie, czołganie się, czy unikanie ataków przeciwników. W trakcie gry gracz może zdobywać różne bronie, takie jak szable, shurikeny czy halabardy, które pomagają w walce z wrogami.

Grafika gry była bardzo zaawansowana jak na ówczesne czasy, a ścieżka dźwiękowa została wykonana przy użyciu prawdziwych instrumentów japońskich.

The Last Ninja 3 była jedną z najbardziej popularnych gier na platformę Commodore 64 i do dziś uchodzi za klasyczny tytuł wśród fanów retro-gier.