W świecie niedalekiej przyszłości toczy się "nadpaństwowa" wojna między "dobrą" organizacją o nazwie "ARTEMISA", która skupia "postępowych" polityków i naukowców, a "złą" megakorporacją "TKG", dążącą do dyktatorskiej władzy nad Ziemią i masowej produkcji wszelkiego rodzaju robotów i strasznych mutacji genetycznych. Będziemy grać jako superagent o kodowej nazwie Silver, któremu geny również zostały solidnie naruszone, co dało mu zdolności niedostępne dla przeciętnego człowieka, pozwalając mu samotnie stawić czoła "tworom" złowrogiego syndykatu.

Codename Silver jest przedstawiona w izometrycznej perspektywie, w której gracz steruje postacią za pomocą jednego klawisza i myszy. Postać może poruszać się za pomocą jednego przycisku, a mysz służy do obracania się w różnych kierunkach. Choć nie jest to zbyt wygodne, można się do tego szybko przyzwyczaić. Nasza postać nie potrafi skakać, ale za to umie biegać - przycisk Shift. W lewym górnym rogu ekranu wyświetlane są paski zdrowia i wytrzymałości. Drugi pasek zmniejsza się podczas aktywnego poruszania się, a po wyczerpaniu samoczynnie się regeneruje, ale trwa to pewien czas. Przycisk Enter służy do nawiązywania zdalnego kontaktu z towarzyszką, członkinią tej samej organizacji co bohater, która udziela różnych wskazówek. Przycisk "Spacja" aktywuje rodzaj radaru, który pozwala zobaczyć mapę terenu z zaznaczonymi na niej wrogami i innymi obiektami. Czasami radar jest od razu dostępny w ekwipunku bohatera, ale częściej musi zostać znaleziony jako bonus.

Inne rodzaje przedmiotów dostępnych do zebrania to apteczki, które regenerują zdrowie, oraz tzw. "beta pulses", które w grze pełnią rolę zarówno broni, jak i amunicji. Aby zdobyć apteczki i "beta pulses", trzeba masowo niszczyć drewniane skrzynki, które obfitują na każdej planszy, a czasem pojawiają się także po pokonaniu wrogów. System zdobywania i używania nowych rodzajów uzbrojenia jest dość specyficzny: zawsze mamy podstawowy pistolet, a w miarę zbierania "beta pulses" automatycznie pojawiają się nowe środki do zabijania z pełnym, ale ograniczonym zapasem amunicji.

W każdej misji celem jest po prostu niszczenie określonej - i trzeba zauważyć, że bardzo dużej - liczby wrogów, którzy często materializują się dosłownie z powietrza. Wszystkich przeciwników można podzielić na trzy grupy: żołnierze, roboty i mutanci. Nawiasem mówiąc, prawie wszystkie wrogie istoty (nawet największe i najgroźniejsze) można zabić stosunkowo łatwo (szczególnie przy użyciu potężnej broni), ale rekompensują brak wytrzymałości swoją liczebnością, nagłymi pojawieniami się (nawet tuż obok ciebie) i silnymi atakami, nawet u najslabszych istot, które powodują poważne rany - dlatego gra nie jest łatwa!

W sumie są cztery misje, z czego trzy z nich są podzielone na dwa etapy, które trzeba przechodzić ściśle sekwencyjnie. Czasami w trakcie rozgrywki pojawiają się rodzaj dodatkowych "zadań": na przykład, znalezienie karty dostępu o określonym kolorze, zniszczenie radarów, aktywowanie bomb (do uruchomienia timera wystarczy podejść) lub zabicie nieagresywnych czerwonych robotów, które odpowiadają za działanie śmiercionośnych laserów.

Codename Silver to po prostu standardowa (ale jednak z własnym "smaczkiem", choć małym) niskobudżetowa izometryczna strzelanka.