Nie jaki Mylo Steamwitz, przedsiębiorczy handlowiec, postanowił wybrać się do niebezpiecznych kopalń Altairian. Ma nadzieję zebrać wystarczającą ilość kryształów i innych kosztowności aby otworzyć i rozpocząć własne gospodarstwo.

Crystal Caves to gra platformowa, w której celem jest ukończenie wszystkich 16 poziomów, zbierając każdy pojedynczy kryształ wewnątrz nich. Po drodze, nasz bohater Mylo jest narażany na mnóstwo niebezpiecznych potworów, takie jak nietoperze, roboty, wózki górnicze lub dinozaurów, ponad to zagrażać będą także, takie zagrożenia jak rur, które wyciekają kwasami lub trujące grzyby, które zabiją natychmiast. Mylo posiada trzy punkty zdrowia, jeśli wyczerpiemy ich zawartość nasz bohater umiera, ale możemy zawsze zacząć jeszcze raz. Mylo ma pistolet rakietowy, który jest w stanie zniszczyć większość przeciwników, ale nie wszystkie i na dodatek amunicji ma jak na lekarstwo, nie zawsze opłaca się wszystkie stwory niszczyć, niektóre wymagają nawet 3 strzałów, więc czasem lepij go ominąć i amunicję zaoszczędzić na czarną godzinę.

Oprócz kryształów, poziomy zawierają dużo przedmiotów do zebrania: Naboje do pistoletu, bonusowe przedmioty, takie jak kilof lub fioletowy grzyb, są również power-up, który odwraca grawitację, czy daje moc naszemu pistoletowi, dzięki czemu jest wstanie zabić każdego wroga jednym szczałem, znak stop - zamraża wszystkich wrogów i czyni je nieszkodliwe, a czerwony grzybek pozwala zabijać wrogów. Te power-upy działają tylko przez ograniczony czas.