Hitman: Codename 47 to gra akcji osadzona w świecie przestępczym, gdzie gracz wciela się w postać płatnego zabójcy o kryptonimie "Agent 47". Agent 47 to stworzony w laboratorium morderca, który nie ma żadnych wspomnień z przeszłości. W trakcie gry gracz wykonuje różnorodne misje, które polegają na eliminacji określonych celów.

Podczas wykonywania zleceń gracz ma do dyspozycji różnorodny arsenał broni, od snajperskich karabinów po noże i trucizny. Jednak, aby zakończyć misję sukcesem, gracz musi działać w sposób dyskretny i skuteczny, eliminując cele w taki sposób, aby nie zostawić po sobie żadnych śladów.

Fabuła gry opowiada o misjach, które Agent 47 musi wykonać, aby spełnić zadania przypisane przez ICA. W trakcie gry gracz musi wykonywać zlecenia, które prowadzą go przez różne miejsca na całym świecie. Zadania zawsze obejmują zabójstwo konkretnej osoby - głównie biznesmenów, polityków czy innych płatnych zabójców.

W miarę postępów w grze Agent 47 odkrywa tajemnicze fakty na temat swojego pochodzenia, odkrywa różne spiski i korupcję w świecie biznesu i polityki. Ostatecznie Agent 47 staje przed wyzwaniem, aby odkryć prawdę o swoim pochodzeniu i stawić czoła swojemu największemu wrogiemu - doktorowi Ort-Meyrowi, który jest odpowiedzialny za stworzenie Agent 47 i innych potencjalnych płatnych zabójców.