Megaman 3 (znany także w Japonii jako Rockman 3:Wily no Saigo!?) - jest trzecia grą z serii wydaną na NES'a. Gra miała swoja premierę  28 września 1990 roku w Japonii, w Lispoadzie 1990 w USA oraz 20 Lutego 1992 roku w Europie.
W grze po raz pierwszy użyto nową zdolność Mega Mana, slide, jak również nowego mechanicznego psa Rusha który może się zmienić w Rush Jet, Rush Coil, i Rush Marine. W grze po raz pierwszy pojawia się nowy rywal Mega Mana i jego brat Proto Man.
Fabuła
W XXI wieku, świat cieszy się krótkim pokojem, dzięki robotowi Mega Man. Dr. Wily twierdzi, że jest innym człowiekiem i połącza siły z Dr. Light w celu zbudowania robota giganta "utrzymania pokoju" Gamma. Stworzenie go, było marzeniem Dr. Light'a. Z ich prawie kompletnych badania pozostało połączenie ośmiu Elementów Energii do zasilenia maszyny, które były rozrzucone rozrzucone na niezbadanych planetach. Z nieznanych powodów, nowi Mistrzowie Robotów, stworzeni przez obu naukowców w celu znalezienia elementów energii, zbuntowali się. Dr. Light wysyła Mega Man'a z Rush'em, aby powstrzymali ich i zabrali elementy do zasilenia Gamm'y.
Podczas swojej misji, Mega Man spotyka parę razy Proto Man'a (występującego w grze pod pseudonimem Break Man). Nieznany dla niebieskiego robota, jest jego bratem, który pojawia się w celu walki z nim lub pomocy. Kiedy Mega Man wraca do laboratium Dr. Light'a, dowiaduje się, że Dr. Wily ukradł Gamm'ę 28 sierpnia, po znalezieniu wszystkich elementów energii, aby ponownie zmierzyć się z Mega Man'em i Dr. Light'em oraz planuje wykorzystać gigantycznego robota do przejęcia świata. Główny bohater udaje się do Zamku Dr. Wil'ego, aby powstrzymać szalonego naukowca. Po pokonaniu go, Zamek rozpada się i oboje pozostają w niebezpiecznej sytuacji. Proto Man ratuje Mega Man'a, natomiast na Dr. Wil'ego jest już za późno, jednak później w oddali można ujrzeć jego UFO, co oznacza, że przeżył.
Bossowie
Nazwa:             Broń:                      Słabość:
Needle Man    Needle Cannon    Gemini Laser
Magnet Man    Magnet Missile     Spark Shock
Gemini Man    Gemini Laser        Search Snake
Hard Man        Hard Knuckle        Magnet Missile
Top Man          Top Spin                 Hard Knuckle
Snake Man     Search Snake       Needle Cannon
Spark Man      Spark Shock         Shadow Blade
Shadow Man  Shadow Blade       Top Spin