W Mutation of J.B. fabuła jest dość trudna do zrozumienia - przede wszystkim ze względu na jej absurdalność. Ale ogólnie rzecz biorąc, sprawa wygląda tak. Chłopiec o imieniu Johnny Burger (od jego inicjałów pochodzi nazwa gry) przyjeżdża odwiedzić swojego kuzyna Emmanuela, ale nie zastaje go w przyczepie, gdzie ten mieszka. Zamiast tego spotyka tam ekscentrycznego naukowca, który proponuje Johnny'emu przyzwoitą sumę pieniędzy za udział w ryzykownym eksperymencie naukowym, w którym bierze udział także świnia. Johnny zgadza się; kilka sekund po rozpoczęciu eksperymentu pewien mężczyzna z ulicy robi coś z przewodami, w wyniku czego naukowiec, który trzymał się wtedy jednego z urządzeń, dostaje wstrząsu elektrycznego i oszaleje, zaczynając dziko naciskać przyciski aparatury. Przebieg eksperymentu zostaje zakłócony, a świnia znika, a jej istota łączy się z istotą Johnny'ego, zamieniając go w antropomorficzną świnię, przez co ten traci przytomność. Po odzyskaniu świadomości chłopiec odkrywa, że profesor zniknął. Teraz nowo narodzona świnia musi rozwiązać trzy zadania: wrócić do ludzkiego stanu; odnaleźć naukowca (bez czego wykonanie poprzedniego punktu będzie niemożliwe); dowiedzieć się, co stało się z jego kuzynem. Johnny jeszcze nie wie, że za wszystkimi swoimi nieszczęściami stoją zielonoskórzy kosmici z planety Ladea - ci sami, których pokazano nam na samym początku filmu...

Podsumowując, to jest naprawdę "dziwaczne", a ludzie, którzy wymyślili coś takiego, zasługują na szacunek. Sama gra jest dość typowym questem typu "point-and-click" z widokiem z boku, w którym wszystkie akcje są wykonywane za pomocą kursora myszy. Dostępne są tylko pięć akcji: przemieszczenie się, rozmowa, obejrzenie, wzięcie i użycie; wszystkie są one wyświetlane na ekranie w postaci przycisków w lewym dolnym rogu, a przed wykonaniem żądanej czynności należy najpierw kliknąć odpowiedni przycisk, a następnie wybrać na ekranie obiekt, z którym chcemy wykonać daną czynność. Na dole ekranu wyświetlany jest również pasek inwentarza - większość zagadek opiera się na znajdywaniu pikselowych szczegółów i późniejszym użyciu znalezionych przedmiotów, choć dialogi, w tym te, które wydają się ważne dla przejścia, również występują.

Grafika w tej grze jest rysowana - i dość miękka i wyraźna, a twarze postaci nawet posiadają pewną mimikę. Najprawdopodobniej quest ten miał charakter humorystyczny i był w dużej mierze skierowany do dzieci.