Po łagodności w pierwszej części gry, teraz w Operation: Mutant Strike 2 mamy do czynienia z podniesionym poziomem trudności i większym wyzwaniem. Gra naprawdę się rozkręca dzięki wielu mini-bossom i wielu nowym strażnikom od pierwszego poziomu. Ściany i postacie są znacznie bardziej atrakcyjne niż w poprzedniej części, a jakość mapy wyraźnie wzrosła. Pierwszy poziom stanowi spore wyzwanie, i gracze będą musieli postępować bardzo ostrożnie przez cały czas.

Rozgrywka jest intensywna i bardzo szybka. Gracz nie ma dużo czasu na odpoczynek, ponieważ mutanci i inni wrogowie wydają się ciągle nadciągać z różnych stron.
Na każdym poziomie znajduje się wiele pułapek, które mogą łatwo spowodować przepełnienie wrogami i walkę o życie. Mimo że jest dużo apteczek i amunicji, zdecydowanie zaleca się zachować ich trochę w zapasie (np. nie marnować apteczki 25 punktów zdrowia, jeśli masz już 94% zdrowia), ponieważ często konieczny jest powrót w celu uzupełnienia zapasów zdrowia i amunicji.

Tworzenie map jest znacznie ulepszone w porównaniu do Operation: Mutant Strike 1. Nie żeby było coś złego w mapowaniu w pierwszej modyfikacji, po prostu jest to wykonane w o wiele lepszym i bardziej otwartym stylu. Mapy są większe i bardziej złożone, a w każdym poziomie jest znacznie więcej różnorodnych scenariuszy.
Znajduje się wiele tajnych miejsc, które w większości przypadków zawierają skarby, zdrowie i amunicję. Polecam się ich poszukiwanie, jeśli tylko pozwala na to czas.

Ustawienia The Wall są lepsze i bardziej przyciągające, mapy są większe i trudniejsze, lista przeciwników jest bardziej agresywna, a historia jest o wiele bardziej rozbudowana i zaangażowana. Wszystkie te elementy sprawiają, że modyfikacja jest bardzo zabawna i wymagająca. Ze względu na wzrost trudności, nowi lub początkujący gracze w modyfikacjach do gry Wolfenstein mogą mieć trudności z dostosowaniem się do trudności, i zaleca się, aby grać na niższym poziomie trudności, ponieważ najwyższy jest niezwykle trudny.