Grę zaczynasz w swoim pokoju, zaraz po otrzymaniu anonimowej notatki dotyczącej śmierci Danny'ego. Wyjdź na korytarz i idź w lewo. Pojedź windą na poziom drugi, przejdź się korytarzem. Jeżeli spotkasz Brooks, porozmawiaj z nią i umów się na mecz koszykówki. Na tym samym poziomie znajdziesz również salę, w której urzęduje kapitan Shannon. Pogadaj z nim i idź dalej w prawo. Następne drzwi za centrum dowodzenia to gabinet lekarza pokładowego. Od niego nie dowiesz się niczego ważnego, ale wypytaj go na wszelki wypadek. Za kolejnymi drzwiami mieści się laboratorium. Porozmawiaj ze wszystkimi znajdującymi się tam ludźmi. Szczególną uwagę zwróć na słowa pani Bernard. Dowiesz się o istnieniu czarnej dziury, efekcie Oriona i okolicznościach, towarzyszących śmierci syna. Wyjdź z laboratorium i idź w lewo. Na następnej planszy otwórz drzwi umieszczone za windą. Znajdziesz się w szklarni. Po prawej stronie stoi mała szafka. Weź z niej nożyce do cięcia drutu. Idź dalej na lewo, aż dojdziesz do elektrowni. Weź z podłogi gaśnicę i klucz francuski. Porozmawiaj z mechanikiem. Teraz z powrotem do windy. Pojedź na pierwszy poziom. Wejdź do siłowni. Zdejmij wiszące na ścianie, obok roweru, sprężyny. Otwórz szafkę, wyjmij kurtkę Brooks i przeszukaj ją. Następnie weź z szafki czerwoną kartę magnetyczną uruchamiającą windę D i odwieś kurtkę na miejsce. Idź do baru i pogadaj ze znajdującymi się tam osobami. Windą D pojedź na czwarty poziom. Rozejrzyj się, odszukaj magazyn. Zabierz spawarkę i listę. Tę ostatnią przeczytaj. W pobliskim pomieszczeniu znajdziesz lampę i młotek. Postaw lampę przy dziurze w ziemi. Polej szczura pianą z gaśnicy i zabierz go. Jedź na poziom trzeci.

Idź w lewo i podejdź do konsoli sterującej. Uruchom ją, używając karty identyfikacyjnej. Porozmawiaj z Brooks, kiedy się pojawi. Spróbuj podpytać Meyera o możliwe przyczyny awarii, a następnie skocz do Rowlanda i spróbuj dowiedzieć się czegoś o pociskach. Idź do baru. Chandry nie zastaniesz, więc będziesz mógł rozejrzeć się swobodnie. Weź łom i wejdź do sali gimnastycznej. Odetnij nożycami siatkę i zabierz ją. Idź teraz do kuchni (poziom czwarty). Porozmawiaj z Chandrą. Wyjdź z pomieszczenia, pokręć się trochę i wróć. Zanurz szczura w cieczy z miski stojącej na stole i zagadnij Chandrę jeszcze raz. Skorzystaj z chwilowego zamieszania i z lodówki wyjmij ciastko. Zanieś je Rowlandowi (poziom trzeci), a dostaniesz namiary na Raman. Idź do laboratorium i porozmawiaj z nią. Znajdź Susan (poziom drugi). Dostaniesz raport, który powinieneś przeczytać. Skocz do Rowlanda. Niestety, nie będzie w najlepszym stanie (ciastko mu zaszkodziło). Na poziomie drugim znajdziesz klinikę. Poczekaj, aż doktorek wyjdzie i rzuć okiem na komputer. Przeczytaj wszystkie dostępne dane i odszukaj Susan. Podczas rozmowy porusz temat jej ciąży, a następnie zażądaj klucza do prywatnej szafki Danny'ego. Idź do pokoju syna i otwórz szafkę pod łóżkiem. Wyjmij listy i użyj młotka na spince. Przejrzyj listy. W chwilę później do pokoju wejdzie Susan i Kaufmann. Porozmawiaj z nimi.

Zostaniesz brutalnie wyrwany z drzemki i wtrącony do więzienia, jako podejrzany o zamordowanie Kaufmanna. Podnieś lunetę i rozkręć ją (musisz to zrobić dwa razy). Przejrzyj znalezioną żywność. Odkręć kratę za pomocą soczewki, zdejmij ją, na jej miejscu umocuj tubę i zatkaj ją jedzeniem. Drzwi się otworzą, będziesz mógł wyjść. Gdy spotkasz Gates, porozmawiaj z nią i umów się na spotkanie. Idź do ładowni (poziom 2) i przyjrzyj się kokonom leżącym na ziemi. Po chwili dołączą do Ciebie Gates i Chu. Chu po dłuższej przemowie zmieni się w potwora, zabije Gates i zaatakuje Cię. Szybko ewakuuj się z ładowni i biegnij do elektrowni. Rzuć okiem na panel kontrolny, wyłącz napięcie, przetnij kable i ponownie włącz fazę. Skieruj się do sali obok i zawołaj potwora. Gdy za Tobą pobiegnie, przejdź nad kablem. Odkręć zawory w zbiornikach z benzyną i uciekaj. W windzie C rozbij panel łomem, potem napraw go za pomocą spinacza i jedź na górę. Gdy będziesz się przyglądał urządzeniu na ścianie, podejdzie do Ciebie Shannon. Będzie chciał Cię zabić, lecz Meyer zdoła go obezwładnić (na wieki wieków, strzałem w łeb). Przeszukaj szafkę, powinieneś znaleźć ładunki wybuchowe. Jedź do sektora D3 i wyjmij z szafki klucz do sondy. Porozmawiaj z Susan. Okaże się, że przez ostatnich kilkanaście minut polało się sporo krwi. Razem z Susan wycofaj się do wnętrza bazy, po drodze spawając za sobą drzwi. Udaj się na drugi poziom, a potem na trzeci windą D. Wejdź do sondy, uruchom ją i przeleć się wokół bazy. Znajdziesz się w pomieszczeniu razem z trzema innymi członkami załogi. Wyjdź z laboratorium i udaj się do części bazy, do której do tej pory nie miałeś dostępu. Strażnik jest martwy, więc nie będzie Ci więcej sprawiał kłopotów. Udaj się do sektora E (przechodząc przez B3 i badając go). Gdy natkniesz się na zwłoki Brooks, przeszukaj je. Znajdziesz elektroniczny chip, który przyda Ci się do uruchomienia NavComu. Znalezione urządzenie daj Meyerowi (D3) i idź do punktu dowodzenia. Porozmawiaj ze znajdującymi się tam ludźmi, a następnie zabierz Susan do szklarni. Znajdziesz Watermana, już zmienionego w mutanta. Zagadnij go, zrób unik i rzuć siatką. Poproś Susan o pomoc, a gdy Waterman znajdzie się na ziemi, polej go znalezionym wcześniej fluidem. Idź do sterowni i włącz system autodestrukcji bazy. Wróć do Susan i Meyera. Okaże się, że coś nie zadziałało, więc wróć ponownie do sterowni. Po wciśnięciu przycisku połóż na nim ładunek wybuchowy. Wróć do przyjaciół i ewakuuj się, zanim baza Cerberus przejdzie do historii.