Fabuła gry WarArena jest bardzo prosta - jesteś agentem specjalnym, który otrzymuje misje mające na celu oczyszczenie mutantów ludzkich, czyli ich eksterminowanie. Gdy zaczynasz misję, masz jedyną broń, którą jest pistolet. Możesz zbierać apteczki, bronie, amunicję i inne przedmioty, aby przejść do następnego poziomu. Poziom może zawierać pięć różnych rodzajów drzwi:

1. Zwykłe drzwi - zawsze możesz otworzyć ten rodzaj drzwi
2. Drzwi z niebieskim kluczem - potrzebujesz niebieskiego klucza
3. Drzwi z czerwonym kluczem - potrzebujesz czerwonego klucza
4. Drzwi z żółtym kluczem - potrzebujesz żółtego klucza
5. Tajne drzwi - te otwierają się zawsze bez klucza, ale musisz je najpierw odnaleźć.

Gra posiada osiem broni, z czego siedem z nich musisz samodzielnie zdobyć na poziomach.

1. Pistolet
2. Strzelba
3. Wyrzutnia rakiet
4. Podwójna strzelba
5. Karabin maszynowy
6. Elektryczny pistolet
7. <niezdefiniowane>
8. <niezdefiniowane>