Po próbie ratowania tonącej młodej kobiety, bohater Merlin jest wciągnięty do świata fantasy, który jest zagrożony przez złego Shadow King. Oczywiście, to Twoim zadaniem jest uratować świat, a także uratowanie wspomnianej kobiety, która została porwana przez Shadow King.
Akcja gry odbywa się w sposób typowy dla przygodo-akcji gier: trzeba walczyć z wrogami za pomocą czarów, które zbierzemy w trakcie wędrówki w grze, jak i rozwiązywania zagadek i korzystanie z różnych rzeczy i obiektów. Co wyróżnia Young Merlin od innych tego typu przygód?, to że nie ma tekstu w całej grze, zamiast tego są ikony prezentujące rozmowy, gra używa haseł, które pozwalają na kontynuowanie przygody, po zakończeniu gry lub skuciu się.