Na pewno otarła się wam o uszy (lub o oczy) nazwa poprzedniej części - UFO: Terror from the Sky. W niej, komandosi z drużyny X-Com prowadzili bezwzględną wojnę z kilkunastoma odmianami nieprzyjacielskich najeźdźców, by w końcu zniszczyć ich główną bazę na Marsie.
Jak to jednak często bywa, okazało się, że w oceanach na ziemi pozostawione zostały przetrwalniki obcych, z których wykluły się setki nowych istot. Niewiele czasu zajęło im zbudowanie nowych, tym razem podmorskich baz i zaatakowanie Ziemian. I znowu los świata leży w Twoich rękach.
W porównaniu do pierwszej części gry, UFO 2 zmieniło się niewiele. W 90% dysponujemy tymi samymi broniami a jedynym postępem są karabiny i wyrzutnie torped, przeznaczone do prowadzenia walk podwodnych. Większość potyczek dzieje się oczywiście na dnie oceanów a tylko od czasu do czasu trzeba pacyfikować nieprzyjaciela, atakującego porty, statki lub miasta. Interfejs użytkownika również pozostał niezmieniony.
Mimo niewielu zmianom, gra jest dużo trudniejsza do ukończenia niż UFO 1.