Wcielasz się w Adola Christian’a, rudego awanturnika i zawodowego szermierza. Pewnego dnia spotkasz wróżkę, która udziela Ci informacji na temat sześciu ksiąg z Ys. Należały kiedyś do starożytnej krainy zwanej Ys, której sekrety zostały przypieczętowane i zachowane w tych sześciu księgach. Wkrótce dowiadujesz się, że księgi zostały skradzione przez złego czarownika Dark Fact’a (zależnie od platformy na którą gra została wydana może się nazywać inaczej w Saga - Dulk Dekt, a w wersji na PC nazywa się Malificus). Twoim zadaniem jest pokonać czarownika i odkryć tajemnicę Ys!

Ys to gra action-RPG w której jak zwykle zdobywasz doświadczenie, złoto, przedmioty, walczysz z wrogami, a także masz możliwość handlowania, rozmawiania z przyjaznymi osobami itp.
Gra jest dość prosta, ma bardzo liniową fabułę, podzielona jest na 3 główne miejsca: miasto, pustynia i lochy. W mieście można uzyskać questy to wypełnienia, kupować rzeczy itp. Podróżując z miasta do miasta lub do innych miejsc, będą napadać cię potwory, zazwyczaj w losowych miejscach. Podziemia stanowią pewien quest, który musisz wypełnić. Oczywiście jest tam mnóstwo potworów.