Covert Operations to gra, w której nie zmieniło się prawie nic poza stopniem trudności. Jednostki i budowle pozostały takie same (tyle że NOD otrzymał działa rakietowe i jednostki Chem Warriors, dostępne wcześniej tylko w wersji sieciowej), zmieniła się też cena wieżyczek NOD (z 300 na 600).

Do dyspozycji mamy 15 misji, w tym 7 dla GDI i 8 dla NOD oraz 10 misji dla wielu graczy. Tym razem nie musimy przechodzić scenariuszy po kolei, możemy je dowolnie wybierać. Od początku też dostępna jest pełna paleta możliwości konstrukcji - a więc wszystkie budowle i jednostki wojskowe. Siły NOD dysponują również możliwością uderzenia atomowego, z czym w podstawowej wersji C&C zdarzały się problemy.

Covert Operations to zabawa dla maniakalnych miłośników gry-matki. Nikomu nie radzę przygody z C&C rozpoczynać od tego dodatku - jest po prostu zbyt skomplikowany dla osoby, która przedtem nie ukończyła wersji oryginalnej. Komplikacja ta polega zarówno na utrudnieniu misji (niektóre składają się z kilku zależących od siebie etapów działania, tworzących niemal nić fabularna), jak i ogromnej przewadze materialnej komputera (i jego „oszustwach"). Do tego, iż siły komputerowego wroga przewyższają w grach nasze siły, zdążyliśmy się przyzwyczaić - Ale denerwują owe , dodatkowe „oszustwa".

1. GDI kierowane przez komputer uderza za pomocą lon Cannon ze znacznie większą częstotliwością, niż mógłby to uczynić gracz.
2. NOD-człowiek w żadnej misji nie dysponuje wyrzutniami rakiet, NOD-komputer ma je prawie zawsze.
3. W jednej z misji NOD-komputer ma możliwość przeprowadzania nalotów bombowych.
4. Obserwując błyskawiczne odbudowywanie przez komputer zniszczonych obiektów można dojść do wniosku, iż maszyna nigdy nie ma kłopotów finansowych.
5. Komputer (zarówno jako NOD, jak i GDI) jest w stanie wznosić budowle w miejscach nie graniczących z innymi swoimi budynkami - czego graczowi nie wolno.

My jednak także zostaliśmy obdarzeni bonusem i to równie potężnym, jak wszystkie przewagi komputera. Otóż możemy budować mury (nawet z worków piasku), których pojazdy wroga nie są w stanie zniszczyć! Komputer szuka prześwitu pomiędzy zaporami, a jeśli go nie znajdzie, posłusznie staje przed murkiem i czeka. Atakuje tylko wtedy, gdy w zasięgu strzału znajduje się bądź budynek, bądź wojska gracza. Efekt jest taki, iż możemy poszatkować całą mapę murkami (i np. zagrodzić komputerowi dostęp do pól tyberium), a wróg staje się bezradny. Błąd programistów jest dla mnie ewidentny. Aż dziw bierze, że w CO go nie wyeliminowano. Całe C&C udało mi się przejść bez stosowania tego cheatu, ale w jednej z misji Covert Operations wydaje się on być jedyną drogą prowadzącą do sukcesu - inne operacje można ukończyć bez uciekania się do tej metody.

Do mniejszych głupstw należy np. fakt, iż komputer co prawda „potrafi" odbudowywać zniszczone budowle, ale tylko dokładnie w tym samym miejscu, w którym stały. Wystarczy więc postawić tam cokolwiek (budynek, pojazd, żołnierza), by zablokować rekonstrukcję bazy.
Twierdzę, że o wiele łatwiej jest grać GDI niż NOD. Istnieją ku temu co najmniej trzy powody: wieżyczka rakietowa - broń defensywna lepsza od obelisków światła, czołg Mamut - wolny, ale o potężnej sile ognia i ze zdolnością samonaprawiania oraz transportowiec APC - zdolny do szybkiego wprowadzania inżynierów na teren bazy wroga. Natomiast atak nuklearny NOD wcale nie jest bronią tak groźną, jak sugeruje jego nazwa. (Pozwala jednak od razu zniszczyć Construction Yard w najsilniej nawet strzeżonej bazie! I jeszcze kilka słów. Nie uważam, żeby któraś ze stron była zdecydowanie słabsza. Po prostu GDI jest organizacją dla ludzi spokojnych, lubiących powoli rozbudowywać bazę oraz armię, a przeciwnika zmieść z powierzchni ziemi jednym uderzeniem. NOD to nomadzi, terroryści zwyciężający nie dzięki przewadze liczebnej, ale własnej determinacji i „bezwzględności" swoich rodzajów broni.